Eine paar kleine Tipps ist mir noch eingefallen, die Du aber vielleicht ohnehin kennst:
Wenn ich mich den Meerschweinchen nähere, rede ich immer mit ihnen. Auch wenn ich länger bei ihnen gesessen habe und aufstehen will, kündige ich das an. Dabei sind unsere Jungs mittlerweile sehr entspannt im Umgang mit uns. Aber Meerschweinchen erschrecken normalerweise einfach leicht und dann rennen sie zumindest kurz panisch weg. Bei scheuen Tieren ist das natürlich noch ausgeprägter.
Besonders leckeres Frischfutter bekommen sie bei uns nur in kleinen Stücken aus der Hand. Vorher locken wir sie mit einem bestimmten Lockruf. Bei uns ist das ein bestimmtes Schnalzen mit der Zunge. Auf die Art verbinden sie mit uns angenehme Sachen.
Und wenn ich sie hochnehmen muss, kündige ich das auch meistens an. Dabei spreche ich das betreffende Schweinchen mit Namen an, rede ihm gut zu, halte die Hände möglichst seitlich und nicht von oben. Am Anfang wird das schwierig sein, aber auf die Art brauchen sie nicht ständig Angst zu haben, dass man sie greifen könnte. Solange das nicht funktioniert, versuche ich sie nicht zu jagen, sondern ruhig in eine Ecke zu drängen und mit Pappe o.a. den Fluchtweg zu versperren.