Ihr braucht Euch keine Vorwürfe zu machen! Wie schon gesagt, bricht Pilz bei Tieren nach der Trennung von Mutter und Geschwistern oft aus.
Auf keinen Fall solltet Ihr die Kleinen von den anderen trennen. Das würde den Stress und damit den Schaden nur vergrößern. Außerdem sind Pilzsporen ohnehin überall. Die könntet Ihr auch durch eine Trennung nicht von den anderen fernhalten. Das einzige, was die anderen schützen kann - und in der Regel auch schützt - ist ein intaktes Immunsystem.
Wir hatten 2-3 mal Pilz, vermutlich aufgrund des Stresses bei der Vergesellschaftung, die sich bei uns sehr lange hinzog. Außer den zwei oder drei jeweils - zu verschiedenen Zeiten - betroffenen Tieren hat es keiner bekommen.